Na tomto místě stával původně románsko-gotický kostel, jehož podobu je možno spatřit na některých obrazech v zámku. Roku 1631 bylo zničeno velkým požárem téměř celé město, zámek i kostel. Z tohoto prvního kostela se zachovala pouze renesanční křtitelnice, kterou zhotovil v roce 1612 kovář Lukáš v Jihlavě.

Na troskách byl znovu vybudován chrám ve stylu renesančním. Z tohoto druhého kostela se zachovala jen kazatelna, zhotovená roku 1698 Janem Joachimem Hitzendorfem.

Majitel jaroměřického panství hrabě Jan Adam Questenberk (1678 - 1752) po ukončení studií na univerzitě procestoval státy v západní Evropě. Nejvíce se mu líbil barokní zámek Versailles stavbou i hudebním životem. Vracel se domů s úmyslem přestavět renesanční zámek i kostel ve slohu barokním a zřídit v Jaroměřicích malou Versailles, středisko baroka i hudebního života. Na zpáteční cestě se zastavil v Římě. Papež Inocenc XII. mu daroval ostatky dvou mladých mučedníků z katakomb - sv. Vincence a sv. Reparaty. Roku 1702 se vrátil domů do Jaroměřic. Projekt na barokní přestavbu zámku a kostela vypracoval Lukáš von Hildebrandt, kde oboje činí jeden architektonický celek. Současný farní kostel je také zámeckou kaplí; projekt je v archívu zámku. Stavbu začal roku 1715. Vedením stavby byl pověřen Jakub Prandtauer. Kostel byl posvěcen v roce 1738, i když nebyl dokončen pro nedostatek finančních prostředků.

Stavba chrámu s oválnou lodí, presbytářem a předsíní je orientována hlavním oltářem k východu. Délka lodě je 20,2 m, šířka 14,8 m a výška lodě je 44 m. Veškerá fresková výzdoba chrámu je vedena myšlenkou apoteózy sv. Markéty, panny a mučednice, patronky kostela. Autorem fresky v kopuli je rodák z Chrudimi Karel František Töpper. Postava namalovaná nad vítězným obloukem je sv. Markéta, vznášející se na jasném oblaku do nebe. Je doprovázena dvěma anděly. Andělem po její levé ruce je podle tradice samotný hrabě Jan Adam Questenberk. Po levici sv. Markéty je nápadný anděl - první choť hraběte Marie Antonie z Friedbergu a Scheeru.

Autorem fresky v kněžišti je Jean Babtiste. Nad svatostánkem je socha sv. Markéty, na níž útočí drak (satan) a chrání ji malý andílek. Autorem obrazu nad hlavním oltářem je znojemský malíř František Antonín Findt. Obraz (410 x 800 cm) znázorňuje Stvoření světla. Mesiáš je světlo Starého Zákona. Malé obrazy po obvodu zpodobují mesiášské předobrazy ve Starém zákoně a jejich vyplnění v Novém zákoně. Světlo víry k nám přinesli sv. Cyril a sv. Metoděj, to nám připomínají dvě velké bílé sochy. Naproti kazatelně je barokní skvost: oltář Panny Marie.

V lodi kostela je 6 vedlejších oltářů: přední dva oltáře jsou s relikviáři dvou mladých mučedníků sv. Vincence a sv. Reparaty. Voskové postavy jsou oblečeny v roucho mladého šlechtice a šlechtičny, pod průhlednou látkou jsou ostatky světců. Na vedlejších oltářích vzadu lodi jsou v relikviářích dřevěné sochy sv. Jana Nepomuckého a sv. Jana Sarkandra. Jejich ostatky jsou v oltářní desce. Obrazy na velkých bočních oltářích - Nejsvětější Trojice a Neposkvrněné Početí Panny Marie - namaloval minorita P. Innocenc Moscherosch. Sochy u těchto oltářů - sv. Eustach, sv. Jan z Mathy, sv. Šebestián a sv. Rochus - je dílo sochaře Kašpara Obera.

Obrazy křížové cesty jsou barokní z roku 1750 od neznámého malíře.

Původní barokní varhany, na které hrával František Míča, skladatel první české opery, byly v roce 1905 úplně zničeny, suchem, apod. Nová varhanní skříň neměla žádnou uměleckou hodnotu. Do barokního interiéru byla nevhodná. Ovšem dochovala se původní barokní varhanní skříň z roku 1750 v Kvasicích u Kroměříže, kam si koupili nové varhany a tuto barokní skříň odstranili, protože byla malá a napadená červotočem. Po jednání nám ji farní úřad přenechal. Po velké opravě v roce 1973 bylo dokončeno přebudování a oprava varhan. Nynější varhany jsou pneumatické, mají 34 rejstříků, 3 volné kombinace, 3 500 píšťal a hrací stůl má 3 manuály.

Při vstupu do chrámu upoutá na vstupních vratech reliéf 4 evangelistů (sv. Matouš, sv. Marek, sv. Lukáš a sv. Jan). Na konzole na zdivu je socha sv. Judy Tadeáše. Reliéf i socha jsou dílem sochaře Josefa Kapinuse.

V letech 1960-1980 prošel kostel velkou generální opravou, při které byla mimo jiné vyměněna dosavadní šindelová krytina kopule i věží za krytinu měděnou, pískovcová dlažba v kostele za dlažbu mramorovou, zdivo ve všech klenbách zpevněno injektáží kromě chrámové klenby, která je dřevěná. Fasáda kostela dostala původní dochovanou barokní barevnost cihlově červenou a bílou. V roce 1994 byla opravena zvonová stolice a doplněny chybějící zvony. O tyto opravy se nejvíce zasloužil jaroměřický děkan P. Václav Küchler.

DALŠÍ INFORMACE: http://www.jaromericenr.cz