Narodil se dne 9. února 1829 v Buděticích. Po studiích teologie ve Vídni získává hodnost doktora teologie a působí jako profesor v českobudějovickém bohosloveckém semináři. Dne 27. května 1875 ho císař František Josef I.  jmenoval na uprázdněný biskupský stolec v Hradci Králové, což papež Pius IX. potvrdil 5. července téhož roku. 

Biskup Josef Jan Hais si uvědomuje národní a sociální problémy doby podstatně silněji než jeho předchůdce, národnostně indiferentní. Vnímá citlivěji emancipaci českého národa uvnitř Rakousko-Uherska a ví, že církev musí reagovat. Haisova éra proto znamená obrovskou personální proměnu. Po představitelích diecéze převážně německého a šlechtického původu se otevřeně hlásí k české národnosti. Uvědomuje si, že církev musí otevřeně vstoupit i na pole politické. Řeší různá diskriminační opatření, zavádí pro český klérus exercicie v češtině, snaží se pomoci české menšině v pohraničí. Obnovuje náboženský život v diecézi a jedním z významných kroků je obnova slavného poutního místa Hory Matky Boží u Králík. Patří ke stoupencům beuronské školy, jejíž směr se prosadil při rekonstrukci např. seminárního kostela sv. Jana Nepomuckého či biskupské kaple v Chrasti. Zcela mimořádná byla biskupova dobročinnost, v níž se - v duchu tradičního charitativního přístupu církve k sociálním problémům doby - nese jeho pojetí pomoci bližním.

V roce 1881 zakládá diecézní ústav hluchoněmých (Rudolfinum), na který přispívá částkou 100 000 zlatých a podobně se postaral o opatrovnu v Chrasti.  Uvědomuje si i potřebu sjednocení katolíků na spolkovém principu jako protiváhu proti nastupujícím liberálně orientovaným politickým stranám, které začínají proti církvi ostře vystupovat. Organizuje proto první schůzi katolické politické Jednoty diecéze královéhradecké.

Za své zásluhy byl biskup Josef Jan Hais jmenován hrabětem římským, Jeho Svatosti papeže Lva XIII. domácím prelátem, rytířem řádu hrobu Božího atd. Biskup Josef Jan Hais řídí svou diecézi až do 27. října 1892, kdy umírá v Chrasti. Pohřben byl na tamějším hřbitově (viz web biskupství).